Das wohl bedeutendste sakrale Bauwerk der Stadt und zugleich geistlicher Mittelpunkt, ist der Salzburger Dom. Mit seiner prächtigen Fassade und der mächtigen Kuppel präsentiert er sich als eindrucksvoller Monumentalbau des Frühbarock diesseits der Alpen.
Sein Entstehen ist eng verbunden mit dem Wesen und Wachsen des geistlichen Fürstentums. Von Bränden zerstört und wiederaufgebaut, vergrößert und erweitert legt er Zeugnis ab von der Macht und der Unabhängigkeit der Salzburger Erzbischöfe.
Der erste Bau entstand unter Bischof Virgil, der 767 im Zentrum des ehemaligen römischen Juvavum eine Kathedrale errichtete.
Am 24. September 774 wurde der Dom den beiden Heiligen Petrus und Rupert geweiht. Als im Jahre 1167 die Grafen von Plain, Anhänger Kaiser Friedrich Barbarossas, die Stadt in Brand steckten, wurde auch der Dom ein Raub der Flammen. Erst unter Erzbischof Konrad III. von Wittelsbach, zehn Jahre später, wurde der Dom neu erbaut, schöner, prächtiger und imposanter als je zuvor und dadurch zum mächtigsten romanischen Münster nördlich der Alpen, dessen Ausmaße sogar den Kaiserdom von Speyer übertrafen.
Nach 400 Jahren war es wieder ein Brand, der am 11. Dezember 1598 große Teile des Domes zerstörte.
Für Erzbischof Wolf Dietrich war dies eine Gelegenheit, das beschädigte Münster niederzureißen und Pläne für den Wiederaufbau zu schmieden. Die Salzburger waren sehr aufgebracht über das rücksichtslose Vorgehen des Erzbischofs, wurden nicht nur wertvolle Skulpturen und Grabsteine der Erzbischöfe zertrümmert, sondern auch der Domfriedhof umgepflügt und die Gebeine der Toten auf den Schutt geworfen. Die Gefangennahme und Einkerkerung auf der Festung Hohensalzburg wegen seiner Salzfehde mit Bayern, durch seinen Neffen und NachfolgerMarkus Sittikus von Hohenems setzte den zahlreichen baulichen Vorhaben Wolf Dietrichs ein jähes Ende. Nach dem Tode Wolf Dietrichs erhielt der Baumeister Santino Solari von Erzbischof Markus Sittikus den Auftrag für den Neubau des Domes, der zum ersten frühbarocken Kirchenbau nördlich der Alpen wurde. Mitten in den Wirren des Dreißigjährigen Krieges fand die feierliche Einweihung, die Markus Sittikus nicht mehr erlebte, am 25. September 1628 durch Erzbischof Paris Lodron statt. Paris Lodron hatte es mit diplomatischem Geschick verstanden, die schwer befestigte Stadt nahezu völlig aus den Schwierigkeiten des Dreißigjährigen Krieges herauszuhalten, sodaß die Domweihe zum größten und prächtigsten Fest wurde, das Salzburg je erlebt hat. Die napoleonischen Kriege beendeten die jahrhundertelange Vormachtstellung der Salzburger Kirchenfürsten, und mit der Entmachtung des letzten Fürsterzbischofs Hieronymus von Colloredo übernahm der erste Habsburger, Ferdinand III., Großherzog von Toscana, die Herrschaft in Salzburg.
Eine Fliegerbombe zerstörte 1944 die Kuppel und einen Teil des Altarraumes. Die notwendigen Renovierungen wurden durchgeführt und der Dom in alter Pracht 1959 wieder geweiht. Die drei Jahreszahlen an den Torgittern des Domes erinnern an die drei Domweihen: "774", "1628" und "1959". Vor der Hauptfassade befinden sich die 4 Monumentalstatuen: Die Apostel Petrus und Paulus mit Schlüssel und Schwert sowie die beiden Landespatrone Rupert und Virgil mit Salzfaß und Kirchenmodell. Die zwei Wappenschilde auf dem Giebelaufsatz verweisen auf die beiden Erbauer des Domes, Markus Sittikus und Paris Lodron.
Zu den Kostbarkeiten des Salzburger Domes gehören neben dem Taufbecken, in dem bereits Wolfgang Amadeus Mozart getauft wurde, auch die prachtvolle Hauptorgel, umgeben von musizierenden Engeln und gekrönt von Rupert und Virgil, sowie die prächtigen Domtore von Schneider-Manzell, Mataré und Manzú. Wolfgang Amadeus Mozart hat in seiner Eigenschaft als Hoforganist und Konzertmeister zahlreiche unvergängliche Werke der Kirchenmusik für Salzburg geschaffen.
Der Domplatz bildet das Atrium für den Dom. Erzbischof Guidobald Thun ließ um 1660 von Giovanni Antonio Dario die Dombögen errichten. In der Mitte des Platzes steht die 1766 - 1771 von Wolfgang und Johann Baptist Hagenauer für Erzbischof Sigismund Graf Schrattenbach geschaffene Mariensäule.