Die Anfänge
Das heutige Salzburg Museum wurde 1834 im Raum des Salzburger "Provincialmuseums" eingerichtet; am 1. Oktober 1835 erfolgte durch den Leiter Vinzenz Maria Süß eine Bestandsaufnahme. Ab 1836 war es in zwei Räumen des städtischen Lodronschen Getreidemagazins am Unteren Gries (heute Franz-Josef-Kai) untergebracht. Auf Fürsprache des Salzburger Bürgermeisters Alois Lergetporer stellte die Stadt die Räume zur Verfügung. Das rechtlich als städtisch bezeichnete Museum - es gab damals kein Land Salzburg - war es inhaltlich als Landesmuseum konzipiert. Das Provincialmuseum bestand einerseits aus militärhistorischen Denkmälern anderseits aus Büchern, Urkunden, Münzen, Mineralien und Herbarpflanzen. Die Einnahmen des Museums bestanden bis 1844 ausschließlich aus Spenden Salzburger Bürger.
Das Carolino Augusteum im 19.Jahrhundert
1852 ging das Museum in städtisches Eigentum über. Nach 1850 hieß das Museum in Anbetracht des nun wieder bestehenden Landes Salzburg und in Würdigung der großen Mäzenin Caroline Auguste "Salzburger Museum Carolino Augusteum", wurde aber auch "Städtisches Museum" genannt. 1856 wurde eine geschichtliche Abteilung im gesamten Obergeschoss des Getreidemagazins eröffnet, die zuvor von der städtischen Militärpflegeverwaltung genutzt waren, sowie ein Kunst- und eine Naturabteilung. Das Museum übernahm bald sämtliche Räume des alten städtischen Getreidemagazins, die Raumnot wurde damit aber nicht behoben. 1861 wurde für das wachsende Museum daher ein Neubau zwischen Sebastiansfriedhof und dem Salzburger Hauptbahnhof erwogen. Unter Direktor Jost Schiffmann (Leitung 1870-1881) erfolgte eine romantisch verklärte und beim Publikum beliebte Raumgestaltung, die bis 1921 bestand. 1895 wurde die naturkundliche Abteilung ins Schloss Mirabell verlegt und damit die Raumnot gemindert. Das Schloss Mirabell war mehrfach als Standort für das gesamte Museum im Gespräch.
Das Museum im 20.Jahrhundert
Anlässlich der 100-Jahr-Feier der Zugehörigkeit Salzburgs zu Österreich hegte das Museum Hoffnungen, auf die Festung Hohensalzburg überzusiedeln. Der erste Weltkrieg machte diese Hoffnungen zu zunichte. 1921 musste das Museum das Haus Grießgasse 21 räumen um die Wohnungsnot zu lindern. Die Studiensammlung wurde in Depots ausgelagert, um zumindest die Schausammlung ausstellen zu können. In dieser Notzeit wurde 1922 der noch heute bestehende Museumsverein gegründet. 1923 kam es zur Abspaltung des naturhistorischen Teiles der Sammlung in Form des späteren Hauses der Natur. Dafür kam nach der Klärung der Eigentümerschaft der von Karl Adrian betreuten Volkskundesammlung dieselbe an die Stadt und damit an das Museum. Diese Sammlung wurde in Monatsschlössl im Schlosspark Hellbrunn ausgestellt. Die Festung Hohensalzburg verblieb damals aber weiter im treuhändischen Eigentum der Republik, wobei eine Übersiedlung der Museums dorthin weiter unmöglich gemacht wurde. In der Zeit des Nationalsozialismus sollte das Museum zuerst in einem NS-Prunkbau an der Griesgasse und später im damals enteigneten Stift St. Peter untergebracht werden. Schon beim ersten amerikanischen Bombenangriff auf Salzburg erlitt das Museum schwerste Schäden. Beim dritten Angriff wurde das Museumsgebäude weitgehend zerstört. Ein Großteil der Sammlungen blieben dank der bombensicheren Lagerung an 16 Bergungsorten (etwa Kavernen) unversehrt. Viele schlecht transportfähige Kunstschätze aber gingen verloren, das Sattler-Panorama, das Marientympanon vom Romanischen Dom und wenige andere Schaustücke konnten aber noch aus dem Bombenschutt geborgen werden. Der Verlust an Kulturgütern dauerte nach Kriegsende u.a. durch Diebstahl an. Die Münzsammlung verschwand während der amerikanischen Besatzung spurlos.
1967 erfolgte die Wiedereröffnung des Museums am bisherigen Platz, der als Provisorium für eine baldige Übersiedelung gedacht war. An diesem Ort sollte dann zuerst ein Museums-Neubau errichtet werden. Ein Siegerprojekt stand bereits fest, wurde später aber wieder verworfen. Dann sollte das Museum in den Toskanatrakt der Residenz übersiedeln. Auch dieser Plan zerschlug sich, die Juridische Fakultät der Universität konnte sich hier durchsetzen. Dafür wurde 1974 wurde das Domgrabungsmuseum, 1978 das Spielzeugmuseum und im Jahr 2000 das neugestaltete Burgmuseum auf der Festung Hohensalzburg eröfffnet.
Das Salzburg Museum in der Neuen Residenz
Ende September 2005 schloss das SMCA das Haupthaus am Museumsplatz. Vom 27. Jänner 2006 bis 7. Jänner 2007 wurde in der für das SMCA umgestalteten Neuen Residenz die Ausstellung Viva! MOZART zum 250. Geburtstag des Genius loci gezeigt. Seit der Wiedereröffnung des Museums am 1. Juni 2007 nennt sich dieses nun "Salzburg Museum"
Heute stehen dem geschichtlich, kulturgeschichtlich und kunstgeschichtlich wichtigsten Museum von Stadt und Land Salzburg mehr als 3.000 Quadratmetern Ausstellungsfläche zur Verfügung, wobei ein neues, Konzept verwirklicht wurde. Vorrangiges Ziel ist, Kunstobjekte ästhetisch zu präsentieren und als inhaltlich spannende Geschichte zu erzählen. Auch die aufwändige Beleuchtungstechnik geht dabei neue Wege. Dabei wurden weltweit erstmals LED-Scheinwerfer im Museum eingesetzt. Die Kühlung des Hauses im Sommer erfolgt mit einer modernen Klimaanlage unter Nutzung des kühlen Wassers des bereits im Jahr 1143 erbauten historischen Stiftsarmes des Almkanales.
„Wir wollen beweisen, dass ein modernes kulturgeschichtliches Museum informativ und gleichzeitig unterhaltsam sein kann, wenn ästhetische Gestaltung, moderne Präsentation und wertvolle Kunstobjekte eine Symbiose bilden", stellte Direktor Erich Marx bei der Eröffnung am 11. Juli 2007 fest.
Der Dauerausstellung „Mythos Salzburg" sind Räume im 2. Obergeschoß gewidmet, der Ausstellung „Salzburg persönlich" Räume im ersten Obergeschoß.