Historischen Quellen zufolge hat bereits im 13. Jahrhundert ein Gotteshaus an der Stelle der heutigen Aigner Kirche in Salzburg gestanden. 1411 wurde ein erneuerter Chor samt Altar geweiht, 1447 wird auch der Friedhof zum ersten Mal urkundlich erwähnt. Genaue Angaben zum Bau der Kirche gibt es jedoch nicht. Gewiss aber ist, dass die Aigner Kirche Johannes dem Täufer geweiht ist und dass damit ein Bezug zu den vielbesuchten Heilquellen im Naturpark nahe dem Schloss Aigen hergestellt wird.
Eine von Kastanien gesäumte Allee führt die kleine Anhöhe zu Schloss Aigen und Kirche hinauf, die seit 1851 eine eigenständige Pfarrkirche ist. In den Jahren 1689 bis 1691 erfolgte eine barocke Erweiterung des gotischen Bauwerks, die auch in der Gestaltung des Innenraumes ihre Entsprechung fand. Die Kirche erhielt den barocken Zwiebelturm und 1717 wurde der Hochaltar vergoldet und neu bemalt. Als beliebtes Ausflugsziel in einer reizvollen Lage zählen das Schloss und die Kirche in Aigen immer schon zu einem bevorzugten Platz für Trauungen.
Seit Anfang des 19. Jahrhunderts wurde die Innenausstattung der Aigner Kirche wiederholt verändert. 1910 sollte die Kirche vergrößert werden und der barocke Saal erhielt einen gleich hohen und gleich breiten Erweiterungsbau. Bei der Renovierung im Jahr 1969 wurde mit viel Feingefühl und Kunstverständnis eine freundliche, lichte Atmosphäre erzeugt. Der Raum selbst hat seinen barocken Grundzug bewahrt.
Eine Reihe prächtiger Grabsteine ziert die Außenseiten der Kirche. Sie reichen bis ins frühe 15. Jahrhundert zurück. Auch auf dem Rundgang über dem Friedhof begegnet man manchem berühmten Namen: Johann Ernst Ritter von Antretter, Hugo Graf Lambert und Alexander Julius Schindler haben hier ihre letzte Ruhestätte gefunden.