Um 700 kam der fränkische Missionar Rupert (Hroudbert) nach Salzburg undgründete auf dem Boden des einst römischen Juvavum die Kirche St. Peter und ein Kloster, dessen älteste Mönchsgemeinschaft auf deutschem Boden durch die Jahrhunderte bis zur Gegenwart ununterbrochen Bestand hat.
Unter dem Abtbischof Arno, einem Freund Karls des Großen, wurde Salzburg zum Erzbistum erhoben. Im Mai 1127 brannten Kirche und Gebäude zur Gänze ab und der Abt Balderich ließ in den Jahren 1130 - 1143 eine dreischiffige romanische Basilika erbauen. Kirche und Klosterbezirk wurden in den darauffolgenden Jahren mehrfach verändert. Als eines der ältesten gotischen Bauwerke Salzburgs entstand 1319 die St.-Veits-Kapelle. Das prachtvolle romanische Portal entstand um 1240. Die Umgestaltung im Stil des Rokoko erfolgte im 18. Jahrhundert unter dem rührigen und kunstsinnigen Abt Beda Seeauer. In der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts gründete Erzabt Petrus Klotz das Collegium Benedictinum mit Fassadenfresken von Anton Faistauer.
Im Inneren der Kirche ist die romanische Bauform noch deutlich erkennbar. Die reiche Zahl der Altäre zeigen das Rokokogewand der Kirche. Einige der Altarbilder wurden von Martin Johann Schmidt, auch "Kremser-Schmidt" genannt, einem der berühmtesten Andachts- und Altarbildmaler des 18. Jahrhunderts, geschaffen. Die beiden riesigen Renaissance-Bronzeleuchter aus dem Jahr 1609 sind ein Geschenk des Fürsterzbischofs Wolf Dietrich. In einer der Kapellen des rechten Seitenschiffs befindet sich das Grabdenkmal von Johann Michael Haydn, eine Marmorplatte, die an Mozarts Schwester Nannerl erinnern soll und das Grabmal des Feldobersten Hans Werner von Raitenau, dem Vater Wolf Dietrichs.
Bedeutende Persönlichkeiten gehörten der Mönchsgemeinschaft von St. Peter an und noch heute zeugen eine reiche Zahl von Werken von der Gelehrsamkeit und dem Eifer der mittelalterlichen Mönche. Eine für die damalige Zeit bautechnische Meisterleistung wurde durch die Errichtung des Almkanals, für den ein Stollen durch den Mönchsberg geschlagen wurde, vollbracht. Viele der Mönche waren seit der Gründung der Universität 1622 als Lehrer tätig, und auch Musik und Theater wurden in St. Peter stetig gepflegt. Der dreizehnjährige Mozart komponierte 1769 für den späteren Abt Hagenauer die "Dominikusmesse" und dirigierte in der Kirche im Jahre 1783 eigenhändig seine berühmte C-Moll- Messe. Johann Michael Haydn schrieb 1782 für St. Peter die "Rupertusmesse".