Naturgeschichtlich betrachtet hat das Ainringer Moos seinen Ursprung in der letzten Eiszeit (Würmeiszeit) – vor ca. 12.000 Jahren. Das Eis schob sich damals über den Högl-Rücken und fräste an dessen Nordrand eine Senke aus. Unter Einwirkung von Niederschlägen und Überschwemmungen durch die Quellen der umgebenden Hänge bildete sich ein Versumpfungsmoor. Abgestorbene Pflanzenteile – vor allem Schilf, Riedgräser, Sumpf- und Wasserpflanzen – zersetzten sich nicht zu Humus, sondern vertorften Schicht um Schicht.
Das Ainringer Moos ist ein Niedermoor, das sehr langsam gewachsen ist. Am Nordostrand hat die Bildung von Hochmoor eingesetzt. Dies passiert, wenn das Moor über den Grundwasserspiegel wächst und sich das Torfmoos durchsetzen kann, das allein vom Regenwasser lebt.